بنای این مسجد برای تدریس علوم دینی توسط شیخ لطف الله جبل عاملی از علمای برجسته جهان تشیع که از لبنان به اصفهان مهاجرت نموده بود، در سال 1011 ه.ق و به دستور شاه عباس اول صفوی آغاز و در سال 1028 ه.ق پایان یافت.
این مسجد دارای سازه ای متفاوت نسبت به سایر مساجد بوده و در بخش شرقی میدان نقش جهان واقع شده است.
در این مسجد به میزان فراوانی کاشی کاری های زیبای هفت رنگ و معرق همراه با خطوط زیبای بنائی به کار رفته و دو تن از برجسته ترین خوشنویسان عصر صفوی نظیر علیرضا عباسی کتیبه های این مسجد را که حاوی آیاتی از قرآن کریم و اسماء الله است را نگاشته اند. معمار برجسته این بنا محمد رضا اصفهانی در کتیبه محراب با فروتنی و تواضع ، خود را معرفی نموده است. این مسجد متقارن با محور میدان بنا شده، به گونه ای که هر بیننده ای پس از ورود به آن با چرخشی نامحسوس و گذر از راهروی آن به محوطه مرکزی ، که شاهکاری از هنر کاشی کاری و خوشنویسی را در خود جای داده وارد می شود. پس در این مسجد هر بیننده ای خود را در برابر عظمت یگانه قادر متعال هستی به راستی حقیر و اندک می یابد.